Буквально с самых первых дней семья Софьи Ивановны оказалась в оккупации. В 1942 году в лесах Березовщины был организован партизанский отряд имени М. Калинина, которым командовал П.М. Ковальский. Спасаясь от фашистов, в леса уходили целыми семьями. В сентябре 1943 года первым ушел в семейный лагерь брат с семьёй, затем ушла и Софья Ивановна с матерью. Через несколько дней из семейного лагеря Софья Ивановна перешла в боевой партизанский отряд. Там она перевязывала раненых, чистила оружие, жгла сигнальные костры, когда из Москвы прилетали самолёты с боеприпасами и питанием. Позже ходила на боевые задания. В партизанском отряде находилась до июня 1944 года.